Ma dopo il successo iniziale, soltanto due anni dopo il suo incarico alla Scala, tutti i suoi progetti sono sprofondati ed è stato allontanato dal Teatro di Milano. La causa sembra essere l'appropriazione indebita di fondi monetari, probabilmente per i numerosi debiti causati dalla sua rinomata passione per il gioco e per l’alcool. All'inizio del 1834 Pugni, lasciato Milano nello sforzo di fuggire dai suoi creditori, è stato aiutato e nascosto dai suoi due assistenti, Giacomo Panizza e Giovanni Bajetti.

Con la moglie e i bambini fugge a Parigi dove vive nella più assoluta povertà. Nella ricerca di un nuovo lavoro è stato impiegato come copista principale per il famoso Théâtre Italien, dove verso la fine del 1834 incontrò una sua vecchia conoscenza il compositore Vincenzo Bellini, ingaggiato dal teatro per la sua opera “I Puritani”. Bellini doveva preparare una versione speciale della stessa opera per il Teatro San Carlo di Napoli. Per la produzione de Napoli il ruolo del soprano doveva essere modificato per i talenti vocali, e su richiesta, della Prima Donna Maria Malibran e poiché la produzione a Parigi stava mettendo Bellini sotto pressione, ha invitato Pugni per copiare le parti per la versione di Napoli. Pugni ha fatto questo, ma inoltre ha fatto una seconda copia della partitura completa e ha venduto il manoscritto al Teatro San Carlo, anche ad un prezzo più alto.
Presto a Bellini si è detto che il teatro di Napoli aveva già comprato una copia  ufficiale della partitura e che non richiedeva più i suoi servizi. Bellini era sconvolto dal tradimento, dato che aveva pagato a Pugni anticipatamente i cinque franchi per la copiatura ma inoltre aveva più volte prestato soldi per alimentare la sua famiglia e spesso non solo aveva dato suoi vestiti dimessi al compositore ma anche chiedeva ai suoi amici di donare i vestiti delle proprie signore alla signora  Pugni. Bellini ha scritto sul giornale, “questa sarà una lezione per me. E se non fosse per i suoi sei bambini non colpevoli, io vorrei rovinarlo.„
Alcuni storici giustificano il gesto di Pugni come una vendetta verso Bellini che offriva il suo aiuto ma per umiliarlo in quanto invidioso del suo talento, come risulta da alcune lettere di amici comuni. Ma Pugni non fu l’unico, Bellini era spesso in preda alla preoccupazione per le continue contraffazioni della partitura dei Puritani e morì lo stesso anno di una fulminante crisi intestinale, forse colera.

Nel 1836, Pugni ha ricevuto una nuova commissione dal coreografo Louis Henry, per comporre la musica del balletto “Licaone” per il Teatro San Carlo di Napoli. Poco dopo Henry è stato ingaggiato dall’Opera di Parigi, per coreografare le sezioni di balletto dell'opera “Guglielmo Tell” di Gioacchino Rossini, per le quali Henry ha voluto utilizzare la musica dal balletto “L'Assedio di Calais” di Cesare Pugni. Così ha invitato Pugni a raggiungerlo da Napoli a Parigi per modificare la partitura. Lo stesso Rossini sovrintendeva i lavori. Con questi momenti di danza e le scene spettacolari, Il Guglielmo Tell rappresenta di fatto l'atto di nascita di quello che verrà definito il genere francese del Grand Opéra.
Entrato nel teatro dell’Opera di Parigi, Pugni, si è fatto così subito notare per la bravura e presto gli è stato affidato il compito di assistente alle partiture. Pugni ha servito in questa funzione al Opéra dal 1836 fino al 1843 e in questi anni ha scritto numerosi brani supplementari “su ordine” soprattutto variazioni solistiche per le ballerine che quando ne avevano bisogno si recavano da lui in visita per avanzare la richiesta.